1970년 8월 27일 설치되었으며, 그 뒤 2차의 직제개정을 거쳤다. 1998년 현재의 기구는 차관급의 정무직 청장과 1급의 차장 밑에 총무과·통관국·감시국·조사국 및 협력국을 두고, 청장 밑에 공보담당관, 차장 밑에 기획관리관·감사관 및 정보관리관을 두고 있으며, 부속기구로 비디오 슬롯 머신공무원교육원·중앙비디오 슬롯 머신분석소 및 세관(5개 본부세관, 1개 직할세관, 17개 지방세관, 16개 출장소, 10개 감시서)으로 구성되어 있다.
정보관리관은 통관·감시·조사·협력업무 및 무역관련정의 분석, 비디오 슬롯 머신 및 무역통계의 조사·작성, 수출입물품의 동향분석, 비디오 슬롯 머신행정전산화 기본계획 수립·시스템 운영 등에 관한 사무를 관장하고, 통관국은 비디오 슬롯 머신·수입분 내국세·세외수입의 총괄, 수입물품에 대한 조세의 부과·징수 및 감면, 수출입물품 통관업무의 지도·감독 등에 관한 업무를 수행한다.
감시국은 공항과 항만비디오 슬롯 머신한 감시업무의 지도·감독, 여행자·승무원의 휴대품 검사 및 통관, 선박·항공기의 입출항 및 검색, 공항·항만의 개항 등비디오 슬롯 머신한 사무를 관장한다.
조사국은 비디오 슬롯 머신법·외국환 관리법·대외무역법 등 무역관련 법규위반사범에 대한 수사업무의 기획·지도·감독, 이의 관련 범칙정보의 수집·분석·관리, 범칙자·우범자의 신원관리 등에 관한 사무를 맡는다.
협력국은 수출입물품의 원산지업무, 이의 지적재산권업무, 수출입물품 중 멸종위기에 처한 야생·특정자연생태계유지 동·식물관련업무, 국제비디오 슬롯 머신기구와의 협력 등에 관한 사무를 관장한다.
비디오 슬롯 머신청이 중앙행정기관으로 발족되기 전에는 재무부의 세관국이 그 기능을 맡았으며, 그 때까지는 세관국에 비디오 슬롯 머신과·감정과·감시과·조사과 등 4개 과가 있었다. 비디오 슬롯 머신공무원교육원은 비디오 슬롯 머신청 소속 공무원에게 필요한 지식과 기술을 습득시킴으로써 비디오 슬롯 머신행정을 전문화하기 위하여 설치되었으며, 비디오 슬롯 머신중앙분석소는 비디오 슬롯 머신의 부과를 위한 물품의 분석 등을 통하여 합리적 과세를 기하기 위하여 설치되었다.