내원정사 묘법연화경은 1632년(인조 10) 용복사와 1649년(인조 27) 통도사에서 각각 간행된 목판본 불경이다. 이 불경은 『묘법연화경』 2종으로, 용복사에서 판각하여 1632년에 인출한 『묘법연화경』 7권 3책(완질)과 경상도 양산 통도사에서 1649년에 판각하여 인출한 『묘법연화경』 7권 3책(완질)이다. 이들 인쇄본은 17세기 삭령 용복사와 양산 통도사의 목판 인쇄술 역량과 더불어 당대 판화를 연구하는 데 중요한 가치가 있다.

부산광역시 서구 서대신동 내원정사에 봉안되어 있는 1730년대 목조관음보살좌상이다. 2001년 부산광역시 유형문화유산으로 지정되었다. 불상 내부에서 발견된 조성 발원문을 통해 1730년 의겸(義謙) 등에 의해 조성되었음을 알 수 있다. 의겸은 청곡사 영산회괘불탱(1722년, 국보), 안국사 영산회괘불탱(1728년, 보물) 등의 많은 불화를 남겼다. 불상 제작은 내원정사 불상이 유일하다. 회화를 보는 듯 유려한 옷주름이 돋보이는 작품으로 고개를 아래로 향한 채 윤왕좌를 취해 편한 자세로 앉아 있다. 18세기 이후 화승과 조각승과의 연관 관계 같은 역할 연구에 중요한 자료이다.