1909년 포사이트 선교사가 길에 쓰러진 한센병환자를 치료한 것이 설립동기가 되었으며, 1911년 4월 전라남도 광주군 효천면 봉선리에서 우월순 선교사에 의해 ‘환자 진료, 선교, 봉사’를 설립목적으로 광주 나슬롯 꽁 머니으로 시작하였다.
1923년 조선총독부 사립슬롯 꽁 머니 취제규칙에 의하여 정식슬롯 꽁 머니으로 인가되었고, 1935년 3월 애양원으로 개칭하였다. 1948년 4월 미국 남장로교 한국선교회로 운영권이 이관되었다. 1966년에는 한센병(나병) 이동진료반 운영을 시작하여 한센병관리 직원을 여수시 · 순천시 · 여천시 · 여천군 · 승주군 · 광양군 · 고흥군 · 보성군에 파송, 한센병교육과 재가환자 진료 및 신환자 발견에 힘쓰게 하였다.
1967년 8월 여수애양재활슬롯 꽁 머니으로 개칭하고 현대식 슬롯 꽁 머니으로 건축, 일반 지체장애자와 나환자를 함께 재활수술하게 되었다. 1988년 3월 사회복지법인 여수애양슬롯 꽁 머니으로 변경하였다.
여수애양슬롯 꽁 머니은 한센병환자 및 일반장애자들에게 의료적, 직업적, 정신적으로 재활을 도모하고 이들에게 예수 그리스도의 복음을 전하는 영적구원에 이르기까지 전인치유의 사업을 수행함으로써 복지사회 건설에 기여해왔다. 2002년 등록문화재(현, 등록유산)로 지정되었다.