1961년 3월 김선근(金善根)·문태준(文太俊) 등 18명의 발기로 창립되었다.
같은 해 10월 첫 학술대회를 개최한 이래 매년 춘계·추계 두 차례의 학술대회와 학술집담회, 강연회 등을 열어 신경외과학의 발전을 꾀하고 있다.
학회는 그 밖에도 전문의시험과 수련업무를 관장하고 있으며 회원의 보수교육을 실시하고 있다. 국제활동으로는 국제신경외과학회(WFNS) 후원으로 1987년 5월 전문의재교육과정을 개최하였으며, 1991년 제8회 아시아·오세아니아주학회의 학술대회를 개최할 예정으로 있다.
또한, 슬롯 머신 777뇌혈관질환연구회·소아신경외과학연구회·척수질환연구회와 같은 부속연구회를 두고 있으며, 학회지로는 ≪대한신경외과학회지≫를 발간하고 있다. 1998년 현재 회원 총수는 1,084명이다.