원래 1921년 5월 조선총독부 직속 보더 랜드 3 슬롯 머신시험장으로 발족된 것이 그 시초이며, 8·15광복 이후 1945년에 일제로부터 보더 랜드 3 슬롯 머신시험장을 인수하여 1949년 4월 대통령령 제49호로 상공부장관 감독 아래에 들어갔다. 당시 보더 랜드 3 슬롯 머신시험장은 서무과를 비롯하여 4개의 연구과를 두었다.
1963년 12월 농림부령 제96호에 의거 농림부 국립보더 랜드 3 슬롯 머신진흥원으로 고쳤다. 1966년에는 보더 랜드 3 슬롯 머신청 국립보더 랜드 3 슬롯 머신진흥원이 되었고, 1996년 8월에 해양보더 랜드 3 슬롯 머신부 국립보더 랜드 3 슬롯 머신진흥원, 2002년 3월에 해양보더 랜드 3 슬롯 머신부 국립보더 랜드 3 슬롯 머신과학원, 2008년 농림보더 랜드 3 슬롯 머신식품부 국립보더 랜드 3 슬롯 머신과학원이 되었으며, 2013년 3월 해양보더 랜드 3 슬롯 머신부 국립보더 랜드 3 슬롯 머신과학원이 되었다.
주요사업과 그 내용은 다음과 같다. ① 해양환경조사:해양물리학 · 해양화학 · 해양생물학적인 연구, 어장환경 및 보더 랜드 3 슬롯 머신물 오염조사, 적조현상 조사연구, 해양관계자료 정보수집. ② 어업자원조사:어업자원의 생물학적 연구 및 동태연구, 어장조사 및 어황예측. ③ 어구어법슬롯(漁具漁法分野):어구개량 · 어구자재개량 · 어법연구 · 어선개량연구. ④ 원양어장개발슬롯:새로운 어장개발, 해외어업 협력사업.
⑤ 증양식슬롯:주요보더 랜드 3 슬롯 머신동식물의 증산연구, 품종개량연구, 종묘생산 기술개발 및 양산시험, 병리연구 등. ⑥ 보더 랜드 3 슬롯 머신물처리가공슬롯:보더 랜드 3 슬롯 머신물의 가공기술 및 제품개발연구, 보더 랜드 3 슬롯 머신물 성분특성분석, 어획물포장, 보더 랜드 3 슬롯 머신물 및 양식장 위생연구. ⑦ 담수어시험슬롯:내수면환경조사, 담수어양어기술개발. ⑧ 어촌기술지도 보급슬롯:어민소득증대를 위한 기술지도, 어민교육 및 후계자 사업지도, 기술홍보 및 정보전달 업무 등이다.
그 밖에도 원양어업의 해외어장진출 확대 및 연안국과의 기술협력과 우호증진을 도모하기 위한 외국인연수생 초청훈련 및 각종 국제회의 등에도 참여하고 있다. 특히, 1980년대에 들어서는 ‘잡는 어업’에서 ‘기르는 어업’으로 전환하기 위한 양식어업의 기술개발 및 연안어업자원의 조성사업과 보더 랜드 3 슬롯 머신물식량화사업 등을 지원하기 위한 연구 · 개발 업무에 역점을 두고 있다.
2002년 3월 명칭변경으로 국립보더 랜드 3 슬롯 머신과학원이 된 이후, 본원은 2008년 농림보더 랜드 3 슬롯 머신식품부 소속이 되었다가 2013년 해양보더 랜드 3 슬롯 머신부 소속으로 변경되어 오늘에 이르고 있다. 2023년 08월 현재 국립보더 랜드 3 슬롯 머신과학원의 조직은 원장 아래 운영지원과, 연구기획과, 연구협력과 등 3개 과가 있고, 기후환경연구부, 보더 랜드 3 슬롯 머신자원연구부, 양식산업연구부 등 3개 연구부와 동해보더 랜드 3 슬롯 머신연구소, 서해보더 랜드 3 슬롯 머신연구소, 남해보더 랜드 3 슬롯 머신연구소, 중앙내수면연구소, 남동해보더 랜드 3 슬롯 머신연구소, 아열대보더 랜드 3 슬롯 머신연구소, 해조류연구소, 고래연구소 등 8개 연구소로 이루어져 있다.