슬롯 스 캐터보건원은 전염병 및 비전염병 질환의 효과적인 예방, 진단, 치료법에 대한 연구와 보건·복지 슬롯 종사자의 전문적 지식과 소양을 함양하기 위한 교육을 담당하였다.
그 기원은 1912년 10월 1일 조선총독부 경무국 위생과에 설치된 세균실이라고 할 수 있다. 당시 세균실은 주로 세균검사 업무와 천연두 예방을 위한 두묘 생산업무를 담당하였다. 현재의 훈련부에 해당되는 보건원양성소는 1935년에 설립되었고, 대한민국 정부 수립시 이 두 기관은 슬롯 스 캐터방역연구소와 모범보건소로 출범하였다.
한편, ‘슬롯 스 캐터보건원’이라는 기관이름은 모범보건소의 후신인 중앙보건원의 명칭이 1960년 8월 12일에 바뀌면서 처음 사용된 사실에서 그 기원을 찾을 수 있다. 1963년 12월 16일에 슬롯 스 캐터방역연구소와 보건인력 양성기관인 슬롯 스 캐터보건원, 그리고 지금은 다른 기관이 된 슬롯 스 캐터화학연구소와 슬롯 스 캐터생약시험소가 통합되어 현재 형태의 슬롯 스 캐터보건원으로 발족하였다.
그 뒤 1977년 3월에 마산분원이 신설되었고, 1988년에 후천성면역결핍증과가 신설되었으며, 1992년 2월에 연구기획과가 신설되었고, 1996년 4월에 종양연구과·퇴행성질환과·심장질환과·대사질환과·유전질환과로 구성된 특수질환부가 신설되었다.
1996년 4월 직제 개정으로 식품, 의약품 관련 검정업무를 식품의약품안전본부에 이관함으로써 슬롯 스 캐터보건원은 생명과학 슬롯의 연구에 전념하는 순수연구기관으로 기능이 전환되었다. 이는 21세기를 바라보고 생명과학에 대한 국가 전략산업의 하나로 투자하려는 정부의 강한 의지가 반영된 변화이다.
1999년 1월에 정부조직 개편으로 사회복지연수원이 슬롯 스 캐터보건원 훈련부로 통합되면서 사회복지 슬롯의 전문교육도 담당하게 되었으며, 5월에는 직제 개정으로 감염질환부가 새로 신설되어 전염병 관리기능이 강화되었다.
슬롯 스 캐터보건원은 2003년까지 유지되었다. 당시 싸스의 유행을 계기로 각종 질병의 통합관리 필요성이 제기되어 2004년 1월 질병관리본부가 출범하였다. 이에 따라 기존의 슬롯 스 캐터보건원은 질병관리본부로 확대, 개편되었다. 질병관리본부의 하부 조직으로 1연구원(슬롯 스 캐터보건연구원), 6센터(전염병대응센터, 질병예방센터, 감염병센터, 면역병리센터, 생명의과학센터, 유전체센터), 슬롯 스 캐터검역소 13개소가 있다.