경주 별초군의 난은 1202년(신종 5) 경주의 별초군이 일으킨 저항이다. 경주 별초군이 영주를 공격하였던 것은 저항의 지역적인 기반을 확보하기 위한 것으로 보이며, 1193년(명종 23) 이후부터 저항 세력으로 잔존하고 있었던 운문적(雲門賊)과 부인사⋅동화사 등의 사원 세력과 합세하였던 점이 주목된다. 이는 경주와 경상도 일대의 저항 세력이 연합 전선을 형성하고 있었다는 것과 그 배경이 중앙에 대한 위기감에 있었음을 보여 준다. 특히 사원 세력의 참여는 최씨 무신 정권의 사원 정책이 그 원인이었다고 여겨진다.

별초는 고려시대에 용맹한 자들을 특별히 가려 뽑아 조직한 특수 부대이다. 고려시대의 별초는 처음 명종대에 조위총의 저항을 진압하는 과정에서 정규군 내의 정예한 자들을 임시로 뽑아 조직되었던 선봉대였다. 그런데 그 임시로 뽑아 쓴다는 의미가 점차 국내외의 비상 시기를 당해 전국적으로 상설의 면이 보이는 한편, 기존의 무력 장치보다 더 많은 활약을 하였던 것으로 나타난다. 이것은 이미 기존의 병제가 유명무실화된 상황에서 별초라는 새로운 동원 체제로 대체되어 가고 있었음을 알 수 있다. 별초는 중앙의 경별초와 지방의 외별초로 구분된다.