기존의 미스터 슬롯처가 자연미스터 슬롯 및 생활미스터 슬롯의 보전과 미스터 슬롯오염 방지업무를 관장해 오기는 하 였으나 주로 타부처에 대한 조정, 지원기능 위주이었던데 반하여 앞으로 독립적인 위치에서 정책을 직접 수립, 집행할 수 있도록 하기 위하여 1994년 12월「정부조직법」을 개정하여 미스터 슬롯부로 승격시켰다.
미스터 슬롯문제를 국가적 차원으로 대처하여야 할 필요성에서 1980년 미스터 슬롯청으로 발족하여 1990년 미스터 슬롯처로, 다시 미스터 슬롯부로 승격되었다.
조직은 국무위원인 정무직 장·차관 각 1인과 장관 밑에 장관정책보좌관과 대변인, 차관 밑에 감사관을 두며 정책 및 기획을 조정하고 이를 시사분석하며, 예산·행정관리·법제 미스터 슬롯정보와 비상계획에 관한 사무를 관장하기 위하여 기획조정실을 두고 운영지원과·자연미스터 슬롯정책실·생활미스터 슬롯정책실·물미스터 슬롯정책국 및 수자원정책국을 두고 있다.
2018년 현재 미스터 슬롯부장관 소속하에 국립미스터 슬롯과학원, 국립미스터 슬롯인력개발원, 온실가스 종합정보센터, 중앙미스터 슬롯분쟁조정위원회 사무국과 책임운영기관인 국립생물자원관 및 화학물질안전원을 두고 있다. 그리고 미스터 슬롯부 소관사무를 분장하기 위하여 서울에 한강유역미스터 슬롯청, 부산에 낙동강유역미스터 슬롯청, 대전에 금강유역미스터 슬롯청 및 광주에 영산강유역미스터 슬롯청을 두고 그 아래 원주·대구·새만금에 지방미스터 슬롯관리청, 수도권대기미스터 슬롯청 등을 두고 있다.