원래 충청·전라·경상도의 수군절도사 중에서도 3도 수군을 통제하는 통제사는 경상우도의 수군절도사가 겸임토네이도 슬롯으며 바로 그 아래 관직인 경상우도의 수군우후(水軍虞候)도 다른 지역의 수군우후와는 달리 통우후(統虞候)를 겸하고 있었다.
1865년(고종 2) 토네이도 슬롯정부가 3도 해안방어의 임무를 총책임지는 요충지로서의 경상우도 통영(統營)의 중요성을 고려하여 삼남지방의 통영곡(統營穀)은 일체 통영에서 관리하며 3도의 감영(監營)에서 간섭할 수 없도록 하였다.
이와함께 통제사도 타도의 수군절도사와는 달리 그 실질적 지위를 올려 총융사(摠戎使)와 같은 위계가 되게 토네이도 슬롯다. 이에 따라 그 막하(幕下)의 통우후도 지위상 타도의 수군우후와 달리 통제중군으로 개칭하여 위계를 승격시켰고 그 임기는 2년으로 토네이도 슬롯다.
그리고 각 관아의 조직서열에서 통영의 위계도 올리게 되어 통제사가 토네이도 슬롯의 각 아문(衙門), 각 지방의 영문(營門)에 보내는 관첩(關牒 : 관청끼리 주고 받는 공문서)의 형식을 바꾸고 이를 규정하는 절목(節目)을 작성하도록 하였다. 한편, 실질적 권한을 부여하는 일환으로서 개칭, 승격된 통제중군은 군량미의 관리를 위하여 파견되었다.