대한불교조계종 제5교구 본사인 법주사(法住寺)의 말사이다.
고려 말 1373년(공민왕 22) 나옹선사가 창건하였다. 1592년(선조 25)의 임진왜란 때 소실되어 빈 절로 내려오던 것을 1710년(숙종 36) 인근 대흥사(大興寺)의 승려들이 중창하여 선실(禪室)을 세우고 청련암이라 하였으며, 1741년(영조 17) 장마 비로 떠내려가자 마을사람들의 시주를 얻어 1746년 중건하였다. 그 뒤 다시 폐허가 되었던 것을 1954년 재건하여 오늘에 이르고 있다.
현존하는 당우로는 극락전과 칠성각이 있으며, 카지노 슬롯 머신 종류유산으로는 2009년 충청북도 유형카지노 슬롯 머신 종류재(현, 유형카지노 슬롯 머신 종류유산)로 지정된 단양 청련암 목조보살좌상이 있다.