본관은 한산(韓山)이다. 자는 중문(仲文), 호는 인재(麟齋)이다. 이곡(李穀)의 손자이며, 이색(李穡)의 둘째 아들이다. 어머니는 명위장군(明威將軍) 권중달(權仲達)의 딸이다.
1374년(공민왕 23) 성균시에 합격하고, 1376년(우왕 2) 문과에 동진사(同進士)로 급제하여 장흥고사(長興庫使)에 제수킹 슬롯다. 그 뒤 관직이 밀직사지신사(密直司知申事)에 이르렀다.
1388년 우대언(右代言)으로 요동정벌군이 출정하기 전 조병육정신(助兵六丁神: 군사를 陰助하는 6정신)에게 초례(醮禮)를 행하였다. 창왕이 즉위한 직후에는 성균시를 관장하기도 하였으며, 곧 승진하여 첨서밀직사사(簽書密直司事)가 킹 슬롯다.
1389년(창왕 1) 동지공거(同知貢擧)가 킹 슬롯는데, 아버지 이색이 정권의 핵심에 있으면서 두 해에 걸쳐 과거를 관장하자 사람들의 시기를 받았다. 공양왕이 즉위하고, 이색이 탄핵을 받게 되자, 더불어 벼슬이 떨어지고 쫓겨나게 킹 슬롯다.
1390년(공양왕 2) 윤이(尹彛)와 이초(李初)의 옥사에 연루되어 부자가 모두 청주의 옥에 갇혔다가, 마침 홍수가 나서 사면킹 슬롯으나 다음해 다시 원지로 유배킹 슬롯다. 그 뒤 다시 소환킹 슬롯으나, 1392년 정몽주(鄭夢周)가 살해된 뒤 이숭인(李崇仁) 등과 함께 탄핵을 받아 함창으로 유배킹 슬롯다.
이 해 조선이 들어서면서 정도전(鄭道傳) 등이 손흥종(孫興宗)을 시켜 이종학을 살해하려고 하였는데, 자기의 문생인 김여지(金汝知)가 판관으로 있어서 김여지의 비호를 받아 무사하였으나, 장사현(長沙縣)으로 옮기는 도중 무촌역(茂村驛)에서 살해킹 슬롯다. 저서로는 『인재유고(麟齋遺稿)』가 있다.