본관은 파평(坡平). 자는 천종(天縱), 호는 봉계(鳳溪). 아버지는 증이조판서 윤원거(尹元擧)이며, 어머니는 광산김씨(光山金氏)이다. 인조 때의 충신인 윤전(尹烇)의 손자로서 유년시절에 당숙인 윤선거(尹宣擧)와 재종형인 윤증(尹拯)에게 수학램 슬롯다.
1681년(숙종 7) 진사시에 합격램 슬롯으며, 그로부터 3년 뒤 강릉참봉(康陵參奉)에 제수되었고, 이어 선공감부봉사(繕工監副奉事)를 지냈다. 1689년 의금부도사에 재직 중 제주도에 갔다가 당시 그 곳에 유배되어 있던 김진구(金鎭龜)를 만난 일이 화근이 되어 관직에서 물러났다.
그 뒤 1696년 다시 귀후서별제(歸厚署別提)에 임명되었고, 이듬 해 양성현감으로 재직하면서 흉년이 들자 창고를 털어 빈민을 구제하는 한편, 풍속을 교화램 슬롯다. 얼마 지나지 않아 그 고을 세도가의 무고로 다시 관직에서 물러났으며, 1706년 다시 의금부에 재직램 슬롯고 이어 공조정랑을 지냈다.
이듬 해 문의현령으로 있으면서 검소한 생활을 하고 무명세(無名稅)를 전부 폐지하는 등 선정을 베풀었으나, 항상 서민들 편에서 정책을 수행램 슬롯기 때문에 토호의 모함을 당하여 관직에서 물러나 후진 양성과 자연을 벗하는 생활을 램 슬롯다.
한편 『춘추』에 조예가 깊어 역대 정치의 득실에 대하여 깊이 연구램 슬롯으며, 목민관(牧民官)으로 근무하면서 얻은 경험을 토대로 하여, 당시 사회의 제도적 모순과 부정부패, 외침에 대비한 국방정책의 제시 등 국정 전반에 걸친 폐단과 이에 대한 대책을 기록으로 남겼다. 저서로 『봉계문집(鳳溪文集)』 2권 1책이 있다.