처(處) 단위로 승격되기 전인 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트의약품안전청은 1998년 2월에 설립하여 정무직인 청장과 별정직인 차장이 있었으며, 그 밑에 기획관리관·안전평가관, 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트안전국·의약품안전국과 총무과, 그리고 청장 밑에 공보담당관을 두었다. 소속기관으로는 국립독성연구소·지방보더 랜드 2 슬롯 머신 치트의약품안전청 등이 있다. 공보담당관은 공보사무에 관하여 청장을 보좌하였다.
기획관리관은 각종 정책의 수립·종합 및 조정, 국회관련 업무의 총괄, 예산의 편성 및 집행의 조정, 연구기획 및 평가, 조직 및 정원의 관리, 주요 사업의 진도파악과 그 결과를 심사 분석하였다.
그리고 감사 및 법무 업무에 관한 사항, 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트·의약품 등에 관한 정보와 국제산업동향의 수집·분석·평가·관리, 산업체에 대한 안전성 관련정보의 제공, 공무국외여행 및 국제협력 등의 업무를 관장하였다.
그리고 안전평가관은 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트·보더 랜드 2 슬롯 머신 치트첨가물·의약품·생약·의료기기의 기준·규격 및 안전성에 대한 조사·연구·평가, 세균성제제 등의 기준 및 시험방법에 관한 사항 등과 관련된 업무를 총괄하였다.
보더 랜드 2 슬롯 머신 치트안전국은 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트안전관리에 관한 종합계획의 수립, 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트 등의 영업허가·신고관련 업무, 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트위생검사기관과 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트제조가공우수업소의 지정 및 지도·감독, 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트위해요소의 중점관리에 관한 사항을 담당하였다.
그리고 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트의 품질관리에 관한 사항, 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트 등의 회수제도·압류폐기 및 행정처분에 관한 사항, 국민다소비보더 랜드 2 슬롯 머신 치트 등의 수거·검사에 관한 사항, 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트 등에 관한 관련 지방보더 랜드 2 슬롯 머신 치트의약품안전청의 지도·감독에 관한 사항 등을 담당하였다.
의약품안전국은 약사관련 법령·제도의 검토에 관한 사항, 의약품 등 제조·소분업 및 제조·수입품목의 허가·신고에 관한 사항, 의약품분류업무의 지원에 관한 사항을 담당하였다.
그리고 의약품 등의 통상·국제협력지원에 관한 사항, 의약품 등의 품질관리에 관한 사항, 약사지도사업관리지침과 약사감시계획의 수립 및 조정, 의약품 등 제조업 및 판매업 등의 시설기준에 관한 사항, 의약품 등에 관한 지방보더 랜드 2 슬롯 머신 치트의약품안전청의 지도·감독에 관한 사항 등의 업무를 담당하였다.
2010년 충청북도 청원군(지금의 충청북도 청주시 흥덕구) 오송보건의료행정타운으로 이전하였으며, 2013년 3월 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트의약품안전처로 명칭을 변경하여 보건복지부의 외청에서 국무총리 산하기관으로 승격되었다.
조직 규모는 6국(소비자위해예방국, 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트안전정책국, 수입보더 랜드 2 슬롯 머신 치트안전정책국, 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트소비안전국, 의약품안전국, 바이오생약국 및 의료기기안전국) 3관1단(기획조정관·감사담당관, 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트기준기획관, 위해사범중앙조사단장) 44과·담당관으로 되어 있다. 소속기관으로는 보더 랜드 2 슬롯 머신 치트의약품안전평가원과 6개의 지방보더 랜드 2 슬롯 머신 치트의약품안전청, 16개 수입보더 랜드 2 슬롯 머신 치트검사소 등이 있다. 현재 충청북도 청주시 흥덕구 오송읍 오송생명2로 187(연제리 643)에 위치하고 있다.