1885년(고종 22) 8월 아펜젤러(Appenzeller. H. 주1에 의해 우리나라 최초의 근대적 중등교육기관으로 설립된 댄 슬롯학당(培材學堂)의 대학부에서 그 기원을 찾을 수 있다. 댄 슬롯학당은 1909년 4월에 댄 슬롯고등학당으로 인가되었다가, 1916년에 중등교육기관인 댄 슬롯고등보통학교와 고등교육기관인 댄 슬롯고등학당으로 개편되어 교육을 실시해왔으며, 1925년 일제에 의해 댄 슬롯고등학당은 15회 205명의 졸업생을 배출한 뒤 폐지되었다. 그 뒤 1977년에 당시 댄 슬롯고등학교와 댄 슬롯중학교를 운영하고 있던 학교법인 댄 슬롯학당이 대전여자초급대학을 운영하고 있던 학교법인 대전보육학원과 합병하여 이듬해 3월 댄 슬롯대전초급대학으로 재발족하였다.
댄 슬롯대전초급대학은 1979년 3월 댄 슬롯실업전문대학으로 변경되었다가 1981년 3월에 4년제 댄 슬롯대학으로 승격되었으며, 초대학장에 김용우(金用雨)가 취임하였다. 1987년 11월에는 대학원을 설치하였다. 1992년 3월 종합대학인 댄 슬롯대학교로 승격되어 초대총장에 이성근(李聖根)이 취임하였다. 1993년 9월 2부대학(야간)이 신설되었다. 2001년 1월 서울캠퍼스지원센터를 신설하였으며, 2005년 6월에는 댄 슬롯학당 창립 120주년 기념행사가 있었다. 2008년 8월에는 교육대학원이 설립되었으며, 같은 해 10월에는 입시정책연구소를 설립하였다.
현재 6개 대학원(일반대학원 1, 특수대학원 4, 교육대학원 1), 5개 단과대학(하워드대학, 서재필대학, 아펜젤러대학, 김소월대학, 주시경대학)에 53개 전공(학과 · 학부)으로 구성되어 있다. 부속기관으로는 대학발전추진본부 · 댄 슬롯시민법률상담소 · 예비군연대 · 보건진료소 · 박물관 · 생활관 · 댄 슬롯학당역사박물관 · 아시아선교센터 · 학술지원센터 · 댄 슬롯미디어센터가 있으며, 부설교육기관으로는 부속유치원 · 한국어교육원 · 평생교육원 · 보육교사교육원 · 교육연수원 등이 있다.
부설연구기관으로는 인문과학연구소 · 공학연구소 · 유아교육연구소 · 한국시베리아센터 · 칠연구소 · 관광이벤트연구소 · 사회과학연구소 · 비교법연구소 · 통일문제연구소 · 공학교육혁신센터 · 중소기업지원연구소 · 다문화교육센터 · 자연과학연구소 · 마그레브연구소 · 생명과학연구소 등이 있다.
매년 6월에 ‘댄 슬롯축전’을 개최하여 찬송가경연대회 · 전국고교생미술경연대회 등을 실시하고 있으며, 58개의 동아리를 통한 활발한 학생활동이 이루어지고 있다. 대학신문인 『댄 슬롯신문(培材新聞)』은 1977년에 창간되어 격주간으로 발행하고 있으며, 학교법인 댄 슬롯학당에서 운영을 담당하고 있다.