대한불교조계종 제5교구 본사인 법주사(法住寺)의 말사이다. 1393년(태조 2) 무학(無學)이 창건한 뒤, 영축봉의 동쪽과 서쪽 봉우리 밑에 거북모양의 바위가 있음을 보고 영구암(靈龜庵)이라 하였다. 무학은 산세로 보아 능히 성현을 배출할 무료 슬롯 머신 게임는 곳이라 하여 암자를 세웠다고 한다.
그 뒤 이 절은 아들 없는 사람이 정성을 다하면 아들을 얻고, 단명한 사람이 기도하면 장수한다고 하여 기도도량으로 널리 알려졌다. 조선 말기에 폐사가 된 것을 1933년에 청주에 사는 한병석(韓柄奭) 등 신도들이 힘을 모아 중건하였으며, 그 뒤 언제부터인지 절 뒤의 영축봉을 구절봉으로 부르게 되어 절 이름도 구절사라고 하였다.
1950년 무렵 대웅전을 중건하였고, 1979년 칠성각과 산신각을 지어 오늘에 이르고 있다. 현존하는 당우로는 1950년 이후에 건립한 대웅전과 칠성각·산신각·요사채 등이 있으며, 당우 안에는 불상·탱화·범종 등이 조성되어 있다.